حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی ضمن تسلیت مصیبت بزرگ هتک حرمت مرقد مطهر حضرات عسگریین سلام‌الله علیهما، سرویس‌های جاسوسی اشغالگران و صهیونیست‌ها را طراحان اصلی این جنایت بزرگ دانستند و تصریح کردند: علما و بزرگان جهان اسلام و عموم مسلمانان به ویژه مردم عراق شیعه و سنی باید ضمن هوشیاری در قبال سیاست خطرناک تفرقه‌افکنی دشمنان، خویشتن‌داری خود را حفظ و همدلی با برادران مسلمان را بیش از پیش رعایت کنند.

متن پیام ولی امر مسلمین جهان به این شرح است:

"بسم‌الله الرحمن الرحیم

انالله و اناالیه راجعون

دست تبهکار فتنه‌انگیزان بار دیگر خنجر زهرآلود خود را به پیکره امت اسلامی فرود آورد و مرتکب جنایتی فجیع شد. حادثه‌ انفجار در حرم سامرا و هتک حرمت مرقد مطهر امامین همامین عسگریین سلام‌الله علیهما نه فقط دل شیعیان جهان را خونین و عموم مسلمانان را که به خاندان مکرم پیامبر اعظم صلی‌الله علیه و آله عشق واردات می‌ورزند،غمگین و جریحه‌دار کرد، بلکه دنیای اسلام را در برابر توطئه‌های هولناکی قرار داد که هدفش ایجاد جنگ داخلی در عراق و مشغول کردن ملت‌های مسلمان به حوادث خونین مذهبی و فرقه‌یی است.

عاملان کوردل و سیه روی این جنایت بزرگ چه بازماندگان کافرکیش رژیم بعث صدامی باشند و چه متحجران فریب‌خورده وهابی و سلفی، تردید نمی‌توان کرد که سرویس‌های جاسوسی اشغالگران و صهیونیست‌ها طراحان اصلی این نقشه‌ پلیدند.

اشغالگران برای سست‌کردن پایه‌های دولت مردمی عراق و توجیه حضور نامشروع خود در آن کشور، میدان را برای تروریست‌ها و وحشت‌آفرین‌ها باز گزارده و میان برادران مسلمان آتش‌افروزی می‌کنند. حرم مطهر عسگریین قرن‌ها در شهر سامرا و در میان مردم اهل تسنن محترم بود و هرگز کسی در هیچ دوره به ساحت مقدس آن اهانت روا نداشته بود.

اکنون در دوران سلطه اشغالگران این دومین بار است که چنین بی‌شرمانه جنایتکارانه به آن جایگاه رفیع و قدسی تعرض می‌شود. اشغالگران عراق نمی‌توانند از مسوولیت این جنایت بزرگ شانه خالی کنند.

برادران شیعه و سنی عراق به هوش باشند که در دام توطئه دشمن نیفتند. مسلمانان در همه جای جهان بیش از گذشته باید مراقب سیاست تفرقه‌افکنی و جنگ‌افروزی دشمنان اسلام باشند. امروز دشمنان در عراق، در فلسطین، در لبنان و در هر نقطه از جهان اسلام که بتوانند آتش‌افروزی می‌کنند و با بهانه‌های گوناگون مذهبی و قومی و حزبی و غیره مسلمانان را به صف‌آرایی در برابر یکدیگر و برادرکشی تحریک می‌نمایند. مسلمانان نباید به آن‌ها در این هدف ننگین و خطرناک کمک کنند. علمای محترم اهل تسنن فاجعه‌ سامرا را محکوم کنند و صریحا بیزاری خود را از مرتکبان آن ابرز نمایند و علمای محترم شیعه‌، پیروان اهل بیت علیهم السلام را به خویشتنداری دعوت کنند و همه علما و بزرگان روحانی جهان اسلام پیروان خود را به همدلی با برادران خود و رعایت احساسات مذهبی هر فرقه سفارش نمایند. اینجانب این مصیبت بزرگ و سایر مصایب مسلمین را به حضرت بقیه‌الله ارواحناه فداه تسلیت عرض می‌کنم.

خداوند شر مستکبران ظالم و کافر را از سر ملت‌های مسلمان برطرف نماید.

والسلام علی عبادالله الصالحین

سیدعلی خامنه‌ای

24 خرداد 1386"